Vleermuizenonderzoek kan noodzakelijk zijn bij de aanvraag van een omgevingsvergunning of bestemmingsplanwijziging. Na het uitvoeren van een ecologische quickscan kan de projectlocatie geschikt bevonden worden voor vleermuizen. Dit kan zowel als verblijfsplaats, migratieroute of als functioneel leefgebied. Als gevolg daarvan is vleermuizenonderzoek nodig om de exacte effecten van de beoogde ontwikkeling in kaart te brengen.
Vleermuizen kunnen op diverse manieren gebruik maken van een locatie. Onderdelen zoals bebouwing kunnen dienen als verblijfplaats en houtwallen, bomenlanen, sloten en oppervlaktewateren kunnen dienen als jacht- en foerageergebied. Een groot deel van de Nederlandse vleermuissoorten verblijven in gebouwen, onder andere onder dakpannen, in spouwmuren, achter gevelbetimmering, in spleten, in kieren of in andere holle ruimten. Daarnaast worden vleermuizen aangetroffen in boomholtes, bunkers, kastelen en kerken.
Vleermuizen maken van diverse locaties gebruik gedurende het jaar. Zo hebben ze zomerverblijven, kraamkolonies, paarverblijven en overwinteringslocaties. De kraamkolonies en de overwinteringslocaties worden elk jaar opnieuw in gebruik genomen. De zomerverblijven dienen vooral voor solitaire vleermuizen een tijdelijke slaapplaats en de paarverblijven zijn tevens tijdelijk van aard, maar beide verblijfstypen kunnen elk jaar opnieuw in gebruik genomen worden.
Naast de verblijfslocaties zijn tevens de vaste vliegroutes beschermd. Dit zijn routes die vrijwel elke avond en ochtend afgelegd worden om van verblijfslocatie naar foerageerlocatie te vliegen. Als deze weg vallen kan het zijn dat de gehele populatie in het geding komt.
Middels het vleermuizenonderzoek wordt vastgesteld of vleermuizen gebruik maken van de projectlocatie en wat de locatie voor de aanwezige vleermuissoorten betekend. Aan de hand van de gevonden conclusies kan een ecologisch werkprotocol opgesteld worden om te voorkomen dat de Wet natuurbescherming overtreden wordt. Het is namelijk bij wet verboden opzettelijk verblijfplaatsen en de functionele leefomgeving van vleermuizen te vernielen, beschadigen of weg te nemen.
Het vleermuizenonderzoek dient uitgevoerd te worden naar vastgestelde richtlijnen van het vleermuisprotocol. Afhankelijk van de te verwachten verblijfstypen of functie voor vleermuizen varieert het aantal bezoeken en de onderzoeksperiode. Voor een volledig onderzoek naar alle functies zijn 5 veldbezoeken noodzakelijk van voorjaar tot najaar. Voor specifieke onderdelen zijn minder bezoeken benodigd.