Huismusonderzoek kan noodzakelijk zijn bij de aanvraag van een omgevingsvergunning of bestemmingsplanwijziging. Na het uitvoeren van een ecologische quickscan kan de projectlocatie geschikt bevonden worden voor huismussen. Dit kan zowel als verblijfsplaats of als functioneel leefgebied. Als gevolg daarvan is een huismusonderzoek nodig om de exacte effecten van de beoogde ontwikkeling in kaart te brengen.
Huismussen maken gebruik van bebouwing als nestlocatie, maar ook als winterverblijf en rustplaats. Doordat de daken en gevels van woningen steeds meer geïsoleerd worden, neemt het aantal geschikte nestlocaties voor huismussen af. Daarnaast maken ze veelvuldig gebruik van dichte struiken, gevelbegroeiing, stallen en schuren om in te schuilen.
Middels het huismusonderzoek wordt vastgesteld of huismussen gebruik maken van de projectlocatie en wat de locatie voor de aanwezige huismussen betekend. Aan de hand van de gevonden conclusies kan een ecologisch werkprotocol opgesteld worden om te voorkomen dat de Wet natuurbescherming overtreden wordt. Het is namelijk bij wet verboden opzettelijk nesten, rustplaatsen of eieren van van nature in Nederland in het wild levende vogels te vernielen, beschadigen of weg te nemen. Voor huismussen is tevens sprake van jaarronde bescherming van het functionele leefgebied, de nesten en rustplaatsen.
Het huismusonderzoek dient uitgevoerd te worden naar vastgestelde richtlijnen. Dit houdt in dat er 3 onderzoeksmethodes mogelijk zijn. 2 Veldbezoeken in het voorjaar, 4 bezoeken in een bredere tijdsperiode of het visueel inspecteren van potentiële nestlocaties buiten het broedseizoen.