Na het uitvoeren van een ecologische quickscan en de daar eventueel uit volgende aanvullende onderzoeken kan naar voren komen dat er effecten optreden die negatief zijn voor beschermde soorten of gebieden. Om de te verwachten effecten tot een minimum te beperken of volledig te voorkomen kan een mitigatieplan opgesteld worden.
In het mitigatieplan wordt onderzocht welke maatregelen benodigd zijn. Hierbij kan bijvoorbeeld gedacht worden aan het werken buiten kwetsbare periodes, het behouden van enkele delen van het projectgebied (bijvoorbeeld een houtwal, boom of sloot) of het toepassen van andere installaties om de uitstoot van schadelijke gassen te minimaliseren.
Vaak gaat een mitigatieplan gepaard met een compensatieplan of zijn beide plannen verworven. In een compensatieplan worden verloren kenmerken en waarden gecompenseerd. Dit kan bijvoorbeeld door het plaatsen van nestkasten en het realiseren van geschikt leefgebied elders.