Ondanks het uitvoeren van onderzoek is het in sommige gevallen noodzakelijk gebruik te maken van Ecologische begeleiding. Vaak wordt ecologische begeleiding ingeschakeld om te voldoen aan de Algemene Zorgplicht. De aanwezige ecoloog geeft instructies en houdt toezicht op de werkzaamheden om te voorkomen dat de Wet natuurbescherming overtreden wordt.
Ecologische begeleiding is bijvoorbeeld van belang bij het dempen van sloten waarbij de vissen weggevangen en overgeplaatst dienen te worden, bij het kappen van bomen waarbij potentieel vogelnesten aanwezig zijn, bij het verplaatsen van snoeiafval of grondhopen waar mogelijk kleine zoogdieren of amfibieën verscholen zitten of bij het slopen van bebouwing.