In een ecologisch werkprotocol worden de resultaten en adviezen van de ecologische quickscan en de daaruit volgende aanvullende onderzoeken omgezet tot een concreet begeleidingsplan. Alle ecologie gerelateerde afspraken rondom de werkzaamheden van de beoogde ontwikkeling zijn in het ecologisch werkprotocol verwerkt.
Denk hierbij bijvoorbeeld aan de periode van werken waarbij rekening gehouden wordt met de kwetsbare periode van beschermde soorten, het voorkomen van verstoring en onnodige sterfte, het voorkomen van vernielen van beschermde leefgebieden, de toepassing van natuurvriendelijke verlichting en werkzaamheden waarbij ecologische begeleiding noodzakelijk is.